La co-construction du modèle a révélé des enjeux en termes de coordination et de synergie entre parties prenantes. Quatre départements ministériels (Intérieur, Justice, Santé, Femme/enfant et famille) ainsi qu’une pluralité de structures privées (ONG, associations comme les boutiques de droit de l’AJS, les centres comme la Maison Rose), d'acteurs individuels (les bajenu gox) entrent en interaction à des moments différents de la prise en charge. En dépit de l’existence de cadres de coordination comme les Comités Départementaux de Protection de l'Enfance, le travail est spécialisé davantage qu’il n’est harmonisé.

Alors que tous s’accordent sur la dimension intersectorielle de la prise en charge et l'urgence des statistiques désagrégées sur les VBG, la pratique est encore celle des démarches en quasi silo et le dialogue entre secteur n’est pas véritablement institutionnalisé.

Il manque une véritable gouvernance de la prévention et de la prise en charge des VBG et une coordination fluide et intelligente. Cette gouvernance, par nature intersectorielle, pourrait s’appuyer sur un système d’information national qui permet une centralisation de l'information ainsi qu'un accès sécurisé au dossier de la survivante.

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